Madde 13 — Uygulama yönetmeliği:
Madde 13 – Bu Kanunda düzenlenmesi yönetmeliğe bırakılan konularla, serbest bölgelerde faaliyette bulunacak işleticilerin teşekkül tarzı, görev, yetki ve sorumlulukları, bu işleticilere ve kullanıcılara verilecek, faaliyet ruhsatları ve iptali, bunların sınai ve ticari sicillerinin tutulması,hesaba yapacakları ödemeler, serbest bölge ile ilgili faaliyetlerin tabi olacağı esaslar, bölgelere giriş için verilecek izin belgesi ile görev kartları, ikamet izni ve çalışma esasları ve serbest bölgelerin işletilmesine dair diğer hususlar yönetmelikle düzenlenir.[16]
İşletme sözleşmelerinin yenilenmesi, değiştirilmesi ve süre uzatımı:
Ek Madde 1- (Ek: 9/2/2017-6772/5 md.)
İşletme sözleşmesinin sona ermesinden önce, işletici tarafından işletme sözleşmesinde belirtilen taahhütlerin yerine getirilmiş olması ve Ekonomi Bakanlığının geleceğe yönelik yatırım taleplerinin kabul edilmesi halinde; 7 nci maddenin birinci fıkrasının (c) bendi kapsamındaki gelirlerin artırılması veya Ekonomi Bakanlığının mali yükümlülüklerinin azaltılması bakımından mevcut sözleşmelerdeki hükümler yeniden düzenlenmek suretiyle, sözleşme süresi Ekonomi Bakanlığınca belirlenen süreler itibarıyla uzatılabilir.
Birinci fıkrada yer alan şartların sağlanamaması veya sair nedenlerle işletme sözleşmesi sona erecek serbest bölgelerde, işletme izninin 49 yılı geçmemek üzere yeniden verilmesine ilişkin iş ve işlemlerde Ekonomi Bakanlığınca 24/11/1994 tarihli ve 4046 sayılı Özelleştirme Uygulamaları Hakkında Kanunda düzenlenen usul ve esaslar kıyas yoluyla uygulanır. Bu usule göre belirlenecek kamu kurum veya kuruluşları ile yerli veya yabancı gerçek veya tüzel kişilere, Cumhurbaşkanı kararı ile işletme izni verilebilir. Bu maddenin uygulanmasına ilişkin usul ve esaslar yönetmelikle düzenlenir.[17]
İkinci fıkra kapsamında yürütülen çalışmalar tamamlanıncaya kadar geçecek sürede iş ve işlemler Bakanlık tarafından yürütülür.
Yurt dışında bölgeler kurulması:[18]
Ek Madde 2- (Ek: 9/2/2017-6772/6 md.)
3/6/2011 tarihli ve 637 sayılı Ekonomi Bakanlığının Teşkilat ve Görevleri Hakkında Kanun Hükmünde Kararnamenin 12 nci maddesinde yer alan serbest bölgeler, özel bölgeler, dış ticaret merkezleri ve lojistik merkezlerin yurt dışında kurulacağı ülkeleri belirlemeye Cumhurbaşkanı yetkilidir. Bu bölgelerin, Türkiye’de yerleşik bir şirket eliyle kurulmasına ve işletilmesine Cumhurbaşkanınca izin verilir.
Birinci fıkrada belirtilen bölgelerin kurulmasına, işletilmesine ve tasfiyesine ilişkin usul ve esasları belirlemeye Cumhurbaşkanı yetkilidir.
Yurt dışında kurulan bölgelere Türkiye’de yerleşik şirketlerce yapılacak yatırımlara yönelik devlet yardımlarını belirlemeye Cumhurbaşkanı yetkilidir.
Ek Madde 3 – (Ek: 2/7/2018-KHK-703/192 md.)
Mevzuatta Serbest Bölgeler Koordinasyon Kuruluna yapılmış olan atıflar, Cumhurbaşkanınca belirlenen kurul veya mercie yapılmış sayılır.
Ek Madde 4- (Ek:4/11/2021-7341/7 md.)
Bu maddenin yürürlüğe girdiği tarihten sonra geçici 2 nci madde uyarınca ilk kez faaliyete geçecek serbest bölgelerde, işleticilerin serbest bölgelerin işletilmesi ile ilgili faaliyetlerden elde ettikleri kazançları, 30 yılı geçmemek ve Ticaret Bakanlığınca kendilerine verilecek ilk faaliyet ruhsatında belirtilen süre ile sınırlı olmak üzere gelir veya kurumlar vergisinden müstesnadır. Bu istisna, münhasıran alım satım veya depo işletmeciliği faaliyet ruhsatı sahibi kullanıcılardan elde edilen kazançlar ile 31/12/1960 tarihli ve 193 sayılı Gelir Vergisi Kanunu ile 13/6/2006 tarihli ve 5520 sayılı Kurumlar Vergisi Kanunu uyarınca yapılacak vergi kesintilerini kapsamaz. Bu maddenin uygulanmasına ilişkin usul ve esasları belirlemeye Hazine ve Maliye Bakanlığı yetkilidir.
Üstyapıların tahliyesi ve malların tasfiyesi
Ek Madde 5- (Ek:2/6/2022-7408/2 md.)
Arazisi Hazinenin özel mülkiyetinde bulunan serbest bölgelerde, faaliyet ruhsatı iptal edilen kiracı kullanıcılar ile üstyapının bağlı olduğu faaliyet ruhsatı iptal edilen yatırımcı kullanıcılara, üstyapıda bulunan mallarının tahliyesi için bir aydan az altı aydan fazla olmamak üzere süre verilir. Bu sürenin sonunda kullanıcıya ait olup üstyapıdan çıkarılmayan mallar üzerinde kullanıcının her türlü tasarruf yetkisi kalkar ve bu mallar serbest bölge müdürünün başkanlığında oluşturulacak bir komisyon marifetiyle sayım ve tespit yapılarak tutanağa bağlanır.
(İptal fıkra: Anayasa Mahkemesi’nin 11/10/2023 tarihli ve E.:2022/96, K.:2023/174 sayılı Kararı ile.)
Komisyon tarafından tutanağa bağlanan mallar, 27/10/1999 tarihli ve 4458 sayılı Gümrük Kanunu hükümlerine göre tasfiye edilmek üzere ilgili idareye teslim edilir. Bu malların satış bedeli ile ilgili olarak 4458 sayılı Kanunun 180 inci maddesinin birinci fıkrası hükümleri uygulanmaz. Bu malların satış bedelinden gümrük vergileri, hizmet karşılığı alacaklar ve yapılmış masraflar, satış için yapılmış masraflar ayrılarak bakiye bedel hak sahiplerine dağıtılmak üzere ilgili birimlere gönderilir ve varsa artan para kullanıcı adına emanet hesabına alınır. Emanete alınan para talep edilmesi halinde kullanıcıya ödenir.
Bu madde hükümleri, arazisi Hazinenin özel mülkiyetinde bulunan serbest bölgelerde; faaliyet ruhsatının süresi sona eren kiracı kullanıcılar ile üstyapının bağlı olduğu faaliyet ruhsatının süresi sona eren yatırımcı kullanıcılar için de uygulanır.
Bu maddenin uygulanmasına ilişkin usul ve esaslar yönetmelikle düzenlenir.
Geçici Madde 1 – (Mülga: 3/8/2002-4771/12 md.)
Geçici Madde 2 – Bu Kanun bir serbest bölge için, o serbest bölgenin faaliyete geçmesinden itibaren uygulanır. Faaliyete geçiş tarihi ise, o serbest bölge alanını çevreleyen çit, kule ve kapı inşaatlarının tamamlanması ve bölge müdürlüğü, polis ve gümrük birimlerinin göreve başlaması suretiyle bölgenin resmen açılış tarihidir.
Geçici Madde 3 – (Ek: 29/1/2004–5084/9 md.)
Bu maddenin yürürlüğe girdiği tarih itibarıyla bu Kanuna göre kurulan serbest bölgelerde faaliyette bulunmak üzere ruhsat almış mükelleflerin;
a) Bu bölgelerde gerçekleştirdikleri faaliyetleri dolayısıyla elde ettikleri kazançları, bu maddenin yürürlüğe girdiği tarih itibarıyla faaliyet ruhsatlarında belirtilen süre ile sınırlı olmak üzere gelir veya kurumlar vergisinden müstesnadır. Bu istisnanın 31.12.1960 tarihli ve 193 sayılı Gelir Vergisi Kanununun 94 üncü maddesinin birinci fıkrasının (6) numaralı bendinin (b) alt bendi kapsamında yapılacak tevkifata etkisi yoktur.
b) Bu bölgelerde istihdam ettikleri personele ödedikleri ücretler 31.12.2008 tarihine kadar gelir vergisinden müstesnadır. Ancak, bu maddenin yürürlüğe girdiği tarih itibarıyla ruhsatlarında belirtilen süre 31.12.2008 tarihinden daha önceki bir tarihte sona eriyorsa, istisna uygulamasında ruhsatta yer alan sürenin bitiş tarihi dikkate alınır.
c) Bu bölgelerde gerçekleştirdikleri faaliyetleri ile ilgili olarak yaptıkları işlemler 31.12.2008 tarihine kadar her türlü vergi, resim ve harçtan müstesnadır.
(Değişik ikinci fıkra: 12/11/2008-5810/7 md.) Avrupa Birliğine tam üyeliğin gerçekleştiği tarihi içeren yılın vergilendirme döneminin sonuna kadar;
a) Serbest bölgelerde üretim faaliyetinde bulunan mükelleflerin bu bölgelerde imal ettikleri ürünlerin yurt dışına, serbest bölge içine veya diğer serbest bölgelere satışından elde ettikleri kazançları ile serbest bölgelerde, bakım, onarım, montaj, demontaj, elleçleme, ayrıştırma, ambalajlama, etiketleme, test etme, depolama hizmeti alanlarında faaliyette bulunan ve hizmetin tamamını Türkiye’de yerleşmiş olmayan kişilerle, işyeri, kanuni ve iş merkezi yurt dışında bulunanlara veren hizmet işletmelerinin, söz konusu hizmetlere konu malların serbest bölgelerden Türkiye’ye herhangi bir şekilde girişi olmaksızın yabancı bir ülkeye gönderilmesi şartıyla bu hizmetlerden elde ettikleri kazançları gelir veya kurumlar vergisinden müstesnadır. Bu istisnanın 193 sayılı Gelir Vergisi Kanununun 94 üncü maddesinin birinci fıkrasının (6) numaralı bendinin (b) alt bendi ile 5520 sayılı Kurumlar Vergisi Kanununun 15 inci ve 30 uncu maddeleri uyarınca yapılacak tevkifata etkisi yoktur.[19][20][21]
b) (Değişik: 9/2/2017-6772/7 md.) Bu bölgelerde üretilen ürünlerin FOB bedelinin en az %85’ini yurt dışına ihraç eden mükelleflerin istihdam ettikleri personele ödedikleri ücretler üzerinden asgari geçim indirimi uygulandıktan sonra hesaplanan gelir vergisi, verilecek muhtasar beyanname üzerinden tahakkuk eden vergiden indirilmek suretiyle terkin edilir. Bu oranı %50’ye kadar indirmeye ve kanuni seviyesine kadar yükseltmeye Cumhurbaşkanı yetkilidir. Cumhurbaşkanı bu yetkiyi, stratejik, büyük ölçekli veya öncelikli yatırımlar ile konusu, sektörü ve niteliği itibarıyla proje bazında desteklenmesine karar verilen yatırımlara yönelik olarak, bölge, sektör ya da faaliyet alanı itibarıyla farklılaştırarak veya kademelendirerek kullanabilir. Yıllık satış tutarı bu oranın altında kalan mükelleflerden zamanında tahsil edilmeyen vergiler cezasız olarak, gecikme zammıyla birlikte tahsil edilir.[22]
c) Bu bölgelerde gerçekleştirilen faaliyetlerle ilgili olarak yapılan işlemler ve düzenlenen kağıtlar damga vergisi ve harçlardan müstesnadır.
Bu maddenin uygulanmasına ilişkin usul ve esasları belirlemeye Maliye Bakanlığı yetkilidir.
Geçici Madde 4 – (Ek: 11/4/2007-5623/2 md.; Mülga: 9/2/2017-6772/9 md.)
Geçici Madde 5 – (Ek: 12/11/2008-5810/8 md.)[23]
Bu maddenin yürürlüğe girdiği tarihten önce serbest bölgelerde faaliyet ruhsatı almış olan kullanıcılara kiralanan arazi, arsa ve binalardan Hazinenin mülkiyetinde bulunanların ruhsat ve kira süresi, Ekonomi Bakanlığınca 49 yıla kadar uzatılabilir. Bu maddenin uygulanmasına ilişkin usul ve esaslar yönetmelikle belirlenir.
Geçici Madde 6 – (Ek: 12/11/2008-5810/8 md.)
Serbest bölgeler, Avrupa Birliğine tam üyeliğin gerçekleştiği tarihe kadar, gümrük rejimleri açısından Türkiye Gümrük Bölgesi dışında, menşe hükümlerinin uygulanması bakımından ise Türkiye Gümrük Bölgesi sayılır.
Geçici Madde 7- (Ek:26/1/2023-7435/4 md.)
Bu maddenin yürürlüğe girdiği tarihten önce bölge içi doğal gaz şebekesi yatırımı işleticilerce yapılmış olan serbest bölgelerde, işleticilerin bölge içi doğal gaz dağıtım ve satış faaliyetleri, 9 uncu maddenin üçüncü fıkrasına uygun olarak devam eder. Bu maddenin yürürlüğe girdiği tarihten önce bölge içi doğal gaz şebekesi yatırımı doğal gaz dağıtım şirketlerince yapılmış olan serbest bölgelerde, işleticilerin bölge içi doğal gaz dağıtım ve satış yetkisi doğal gaz dağıtım şirketlerine devredilmiş sayılır.
Yürürlük: